3月のBNPパリバ・オープン（BNP Paribas Open 2013）と5月のマドリード・オープン（Mutua Madrid Open 2013）、同じく5月のイタリア国際（Internazionali BNL d'Italia 2013）ではそれぞれを制覇し、マスターズ3勝を挙げた。

 その後6月の全仏オープン準決勝でナダルはジョコビッチと対戦。最終セットでは2-4とジョコビッチにリードされていたにもかかわらず、逆転で試合を制した。続いた決勝では同胞のダビド・フェレール（David Ferrer、スペイン）と対戦して勝利し、ローラン・ギャロス（Roland Garros、全仏オープン）では前人未踏だった8勝目を挙げる快挙を成し遂げた。

 しかし全仏の2週間後に開幕したウィンブルドン選手権（The Championships Wimbledon）では苦汁をなめることとなる。ナダルは2008年と2010年の覇者だが、この大会では初日に当時世界135位だったスティーブ・ダルシ（Steve Darcis、ベルギー）に敗れ、1回戦敗退を喫した。

 古いけがの影響かと懸念もされたが、ナダルはしばし体を休めた後北米へ渡り、8月にカナダのモントリオール（Montreal）で開催されたロジャーズ・カップ（Rogers Cup 2013）と米国シンシナティ（Cincinnati）でのウェスタン&サザンオープン（Western and Southern Open 2013）で優勝した。

 続いて出場した全米オープン（The US Open Tennis Championships 2013）決勝ではジョコビッチに4セットで勝利して、優勝トロフィーを掲げた。

 そして11月にナダルはキャリア3度目の年間1位を果たし、シーズンの幕を閉じた。

「今シーズン起きた出来事は特別だった。難しい時期の後、このような1年を過ごすことができて、素晴らしい気持ちになった」と話しているナダルだが、ロンドン（London）で行われたシーズン最終戦、ATPツアー・ファイナル（ATP World Tour Finals 2013）の決勝ではジョコビッチに敗れ、準優勝に終わった。